En los años noventa se disputaron cinco sudamericanos de los cuales Uruguay participó en cuatro. La selección no jugó la edición de 1995 en Bolivia debido a la sanción aplicada por la FIFA por actos de indisciplina en el Mundial de 1993.
Luego de tres ausencias en los mundiales sub-20, Uruguay retornó a los máximos torneos de la categoría en Portugal 1991. La clasificación la logró en el sudamericano disputado en Puerto Ordaz y San Cristóbal, Venezuela, en el cual finalizó invicto. Uruguay, dirigido por Juan José Duarte, participó del grupo A en el cual finalizó segundo y se aseguró un lugar en la ronda final. En esa fase finalizó primero con cuatro puntos, al igual que Argentina y Brasil, pero con el menor saldo de goles. Gustavo Ferreira y Marcelo Tejera fueron los goleadores.
Un año después en Medellín (Colombia), Uruguay fue vicecampeón. Dirigido por Ángel Castelnoble, la Celeste volvió a finalizar un campeonato sin perder ningún partido. Venció a Perú y a Chile en primera fase, en la cual también empató ante Colombia. Mientras que en la ronda final igualó los dos primeros partidos (Brasil y Colombia) y le ganó a Ecuador. En dicho partido Fernando Correa convirtió tres goles, siendo el goleador del certamen. Con el vicecampeonato, Uruguay clasificó al Mundial Australia 1993.
En los dos últimos torneos del siglo XX, Uruguay logró la clasificación a los mundiales de Malasia 1997 y Nigeria 1999. Ambas selecciones fueron dirigidas por Víctor Púa, quien junto a Raúl Bentancor y Aníbal Gutiérrez Ponce, dirigieron a Uruguay en más de un torneo. En 1997, Uruguay finalizó cuarto en el torneo que se disputó en Chile. El goleador celeste fue Marcelo Zalayeta con cinco goles. Mientras que en 1999, en la edición que se jugó en Mar de Plata y Tandil, Uruguay fue vicecampeón. El máximo artillero uruguayo de aquel torneo fue Javier Chevantón con cuatro goles.
Edición 1991
Fecha: 1° al 7 de febrero
Sede: Puerto Ordaz y San Cristóbal (Venezuela)
Participantes: Argentina, Bolivia, Brasil, Chile, Colombia, Ecuador, Paraguay, Perú, Uruguay y Venezuela
Fixture de Uruguay
Grupo A
01/02/1991 | Uruguay 3 – 0 Paraguay (Goles: Washington Tais, Líber Vespa y Darío Silva)
03/02/1991 | Perú 1 – 1 Uruguay (Gol: Marcelo Tejera)
07/02/1991 | Ecuador 1 – 1 Uruguay (Gol: Gustavo Ferreyra)
09/02/1991 | Uruguay 5 – 1 Venezuela (Goles: Marcelo Tejera -2, Gustavo Ferreyra, Darío Silva y Washington Tais)
*Uruguay clasificó como segundo a la ronda final
Ronda final
13/02/1991 | Brasil 0 – 0 Uruguay
15/02/1991 | Uruguay 2 – 1 Paraguay (Goles: Líber Vespa y Gustavo Ferreyra)
17/02/1991 | Argentina 1 – 1 Uruguay (Gol: Osvaldo Canobbio)
*Uruguay finalizó con cuatro puntos al igual que Brasil y Argentina pero con peor diferencia de goles
Campeón: Brasil
Vicecampeón: Argentina
Clasificaciones: Brasil, Argentina y Uruguay clasificaron para el Mundial Portugal 91’
Goleadores: Juan Esnaider –Argentina- (7)
Goleador de Uruguay: Gustavo Ferreira y Marcelo Tejera (3)
Resumen estadístico: PJ: 7, PG: 3, PE: 4, PP: 0, GF: 13, GC: 5
10 puntos de 14 posibles
Plantel – Club – PJ (Goles)
Osvaldo Canobbio – River Plate – 3 (1)
Gabriel Delor – River Plate – 4 (0)
Diego Dorta – Central Español – 7 (0)
Gustavo Ferreyra – Central Español – 6 (3)
Andrés Larrosa – Wanderers – 7 (-5)
Robert Lima – Peñarol – 6 (0)
Josemir Lujambio – Wanderers Durazno OFI – 1 (0)
Álvaro Marenco – Peñarol – 2 (0)
Andrés Martínez – Peñarol – 6 (0)
Luis Márquez – Bella Vista – 7 (0)
Alejandro Mitarián – Peñarol – 0 (-0)
Paolo Montero – Peñarol – 6 (0)
Mario Peñalba – Nacional – 7 (0)
Gerardo Severo – Nacional – 2 (0)
Darío Silva – OFI – 6 (2)
Washington Tais – Peñarol – 7 (2)
Marcelo Tejera – Defensor – 7 (3)
Líber Vespa – Cerro – 7 (2)
D.T.: Juan José Duarte
Edición 1992
Fecha: 16 al 30 de agosto
Sede: Medellín (Colombia)
Participantes: Bolivia, Brasil, Chile, Colombia, Ecuador, Paraguay, Perú y Uruguay
Fixture de Uruguay
Grupo A
17/08/1992 | Uruguay 1 – 0 Chile (Gol: Alejandro Traversa)
20/08/1992 | Uruguay 3 – 1 Perú (Goles: Fernando Correa -2, Andrés Márquez)
22/08/1992 | Colombia 0 – 0 Uruguay
*Uruguay clasificó como segundo a la ronda final
Ronda final
26/08/1992 | Brasil 0 – 0 Uruguay
28/08/1992 | Colombia 0 – 0 Uruguay
30/08/1992 | Uruguay 3 – 1 Ecuador (Goles: Fernando Correa, 3)
*Uruguay finalizó segundo con cuatro puntos e invicto
Campeón: Brasil
Vicecampeón: Uruguay
Clasificaciones: Brasil, Uruguay y Colombia clasificaron para el Mundial Australia 93’
Goleadores: Fernando Correa - Uruguay - (5)
Goleador de Uruguay: Fernando Correa (5)
Resumen estadístico: PJ: 6, PG: 3, PE: 3, PP: 0, GF: 7, GC: 2
9 puntos de 12 posibles
Plantel – Club – PJ (Goles)
Edgardo Adinolfi – River Plate – 6 (0)
Gabriel Alvez – Defensor – 2 (0)
Fernando Correa – River Plate – 6 (5)
Néstor Correa – Liverpool – 4 (0)
Marcelo Dapueto – Racing – 4 (0)
Javier Delgado – Danubio – 4 (0)
Rodrigo Lemos – Nacional – 6 (0)
Diego López – River Plate – 4 (0)
Marcos Madruga – Danubio – 5 (0)
Alejandro Márquez – River Plate - 5 (1)
Sergio Martínez – Sud América – 6 (-2)
Luis Menéndez – Wanderers – 0 (-0)
Nelson Olveira – Fénix – 6 (0)
Diego Pérez – Defensor – 3 (0)
Fernando Rodríguez – Nacional – 4 (0)
Sergio Sena – Nacional – 5 (0)
Tabaré Silva – Defensor – 4 (0)
Alejandro Traversa – Defensor – 4 (1)
D.T.: Ángel Castelnoble
Edición 1995
Fecha: 10 al 29 de enero
Sede: Cochabamba, La Paz y Santa Cruz (Bolivia)
Participantes: Argentina, Bolivia, Brasil, Chile, Colombia, Ecuador, Paraguay, Perú y Venezuela
Uruguay no disputó este certamen por la sanción que le aplicó la FIFA con motivo de actos de indisciplina en el Mundial sub-20 de Australia 1993
Campeón: Brasil
Vicecampeón: Argentina
Clasificaciones: Brasil, Argentina y Chile clasificaron para el Mundial Qatar 95’
Goleadores: Leonardo Biagini - Argentina - (4)
Edición 1997
Fecha: 16 de enero al 7 de febrero
Sede: Coquimbo, Iquique y La Serena (Chile)
Participantes: Argentina, Bolivia, Brasil, Chile, Colombia, Ecuador, Paraguay, Perú, Uruguay y Venezuela
Fixture de Uruguay
Grupo B
19/01/1997 | Uruguay 3 – 1 Paraguay (Goles: Nicolás Olivera, Gabriel Migliónico -2)
22/01/1997 | Colombia 1 – 1 Uruguay (Gol: Marcelo Zalayeta)
24/01/1997 | Uruguay 2 – 1 Bolivia (Goles: Marcelo Zalayeta -2)
26/01/1997 | Uruguay 1 – 0 Argentina (Gol: Carlos Díaz)
*Uruguay clasificó como primero a la ronda final
Ronda final
29/01/1997 | Chile 2 – 2 Uruguay (Goles: Gabriel Migliónico y Marcelo Zalayeta)
31/01/1997 | Argentina 1 – 1 Uruguay (Gol: Rodrigo López)
02/02/1997 | Uruguay 3 – 0 Venezuela (Goles: Christian Callejas, Marcelo Zalayeta y Pablo García)
05/02/1997 | Paraguay 2 – 1 Uruguay (Gol: Gabriel Migliónico)
07/02/1997 | Brasil 0 – 0 Uruguay
*Uruguay finalizó cuarto con seis puntos
Campeón: Argentina
Vicecampeón: Brasil
Clasificaciones: Argentina, Brasil, Paraguay y Uruguay clasificaron para el Mundial Malasia 97’
Goleadores: Adaílton - Brasil – (8)
Goleador de Uruguay: Marcelo Zalayeta (5)
Resumen estadístico: PJ: 9, PG: 4, PE: 4, PP: 1, GF: 14, GC: 8
16 puntos de 27 posibles
Plantel – Club – PJ (Goles)
Gustavo Biscayzacú – Defensor (0)
Christian Callejas – Danubio – 7 (1)
Fabián Carini – Danubio – 2 (-0)
Fernando Carreño – Danubio – 4 (0)
Walter Fabián Coelho – Nacional – 8 (0)
Carlos Díaz – Defensor – 5 (1)
Pablo García – Wanderers – 6 (1)
Nicolás González – Defensor – 6 (0)
Alejandro Lembo – Bella Vista – 7 (0)
Rodrigo López – Rentistas – 5 (1)
Alejandro Meloño – Rentistas – 5 (0)
Gabriel Migliónico – Danubio – 7 (4)
Mario Regueiro – Cerro – 4 (0)
Martín Rivas – Danubio – 7 (0)
Gustavo Munúa – Nacional – 7 (-8)
Nicolás Olivera – Defensor – 7 (1)
César Pellegrín – Danubio – 8 (0)
Álvaro Perea – Peñarol – 8 (0)
Inti Podestá – Danubio – 9 (0)
Marcelo Zalayeta – Danubio – 8 (5)
D.T.: Víctor Púa
Edición 1999
Fecha: 5 al 25 de enero
Sede: Mar del Plata y Tandil (Argentina)
Participantes: Argentina, Bolivia, Brasil, Chile, Colombia, Ecuador, Paraguay, Perú, Uruguay y Venezuela
Fixture de Uruguay
Grupo B
06/01/1999 | Uruguay 1 – 0 Colombia (Gol: Javier Chevantón)
10/01/1999 | Uruguay 7 – 1 Bolivia (Goles: César Pellegrín, Javier Chevantón – 2, Diego Forlán, Néstor Fabián Canobbio, Fernando Carreño y Carlos Bueno)
12/01/1999 | Paraguay 2 – 0 Uruguay
14/01/1999 | Brasil 0 – 0 Uruguay
*Uruguay clasificó como tercero a la ronda final
Ronda final
17/01/1999 | Uruguay 1 – 0 Argentina (Gol: Omar Pouso)
19/01/1999 | Uruguay 2 – 1 Chile (Goles: Javier Chevantón y Fernando Carreño)
21/01/1999 | Perú 0 – 0 Uruguay
23/01/1999 | Paraguay 1 – 0 Uruguay
25/01/1999 | Brasil 2 – 2 Uruguay (Goles: Gonzalo Sorondo y Omar Pouso)
*Uruguay finalizó segundo con ocho puntos
Campeón: Argentina
Vicecampeón: Uruguay
Clasificaciones: Argentina, Uruguay, Brasil y Paraguay clasificaron para el Mundial Nigeria 99’
Goleadores: Luciano Galletti – Argentina – (9)
Goleador de Uruguay: Javier Chevantón (4)
Resumen estadístico: PJ: 9, PG: 4, PE: 3, PP: 2, GF: 13, GC: 7
15 puntos de 27 posibles
Plantel – Club – PJ (Goles)
Fernando Albermagger – Peñarol – 9 (0)
Carlos Bueno – Peñarol – 4 (1)
Néstor Fabián Canobbio – Progreso – 3 (1)
Fernando Cardozo – Huracán Buceo – 4 (0)
Fabián Carini – Danubio – 9 (-7)
Fernando Carreño – Peñarol – 9 (2)
Alejandro Correa Rodríguez – Nacional – 4 (0)
Javier Chevantón – Danubio – 9 (4)
Carlos Díaz – Defensor – 9 (1)
Diego Forlán – Independiente (Argentina) – 8 (1)
Martín Ligüera – Nacional – 8 (0)
Damián Macaluso – Central Español – 6 (0)
Fernando Machado – Pumas (México) – 6 (0)
Mauricio Nanni – Wanderers – 0 (-0)
Pablo Pallante – Wanderers – 7 (0)
César Pellegrín – Ternana (Italia) – 6 (1)
Diego Pérez – Defensor – 6 (0)
Omar Pouso – Danubio – 8 (2)
Adrián Sarkissián – River Plate – 1 (0)
Gonzalo Sorondo – Defensor – 9 (1)
D.T.: Víctor Púa
